Decidí consultar con él DBA, su repuesta fue que la mejor práctica para consultar la metadata en SQL Server es utlizar el conjunto de vistas INFORMATION_SCHEMA que es un estándar ANSI que MS implentó en SQL Server, pero el estándar no contempla brindar información de los indices.
Al final mi sentencia quedó:
IF EXISTS(SELECT 1 FROM sys.indexes WHERE name = 'IDX') DROP INDEX nombre_tabla.IDX
Para finalizar, doy a conocer mi decepción de la función "Migrate..." para los DTS, no me ha servido para nada porque la parte fundametal que es el Data Flow no la migra.
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